El Hermano Charles Labus, inicia la labor educativa en 1966 con tres secciones de primaria, como anexo al Colegio San Antonio, de los Hermanos Marianistas. En 1967 el R.P. Patrick MC. Cannon, formaliza la creación  como ´´Escuela Primaria de Varones Santa Cruz”, mediante la R.M. N° 2366-67 del 25 de agosto de 1967, siendo su primer director el Hermano Charles Labus. En el año 1968 por gestión de su primer Promotor el R.P. Patrick MC. Cannon quien, preocupado por brindar a la comunidad una educación en el nivel secundario, consigue mediante R.M. N° 4595-68-ED del 17 de setiembre de 1968 la autorización para funcionar como Colegio Parroquial “Santa Cruz”. El nivel secundario se inicia con dos secciones de primero, incrementándose cada año por el crecimiento de la demanda poblacional. En 1982 egresó la primera promoción.

En 1972, la Congregación de los Hermanos Marianistas entrega el Colegio para su administración a la Parroquia de “Santa Cruz” de San Martín de Porres, asumiendo la promotoría el Párroco Walter Blake, siendo nombrado como director el profesor Edmundo Gamarra Gómez. Luego asume el cargo de promotor el Padre Bernardo quien posteriormente entrega el colegio al Obispado del Callao a cargo de Monseñor Ricardo Duran Flórez, nombrando como promotor al Padre Pedro León Oriundo Suárez quien, en 1989, pide la colaboración de las Hermanas de la Congregación de Cristo Rey.

Posteriormente, en 1992, decide cambiar la administración del colegio; para ello viaja a Colombia y gestiona la autorización ante las Instancias Superiores de la Congregación de Hermanas Dominicas de la Presentación de la Santísima Virgen, para asumir la administración y conducción del Colegio. La Congregación se hace cargo a partir de 1993, con la Hermana Bárbara Inés Carrasco Correa como directora, brindando un servicio orientado a la formación en valores dentro de una educación centrada en la persona, aplicando la “Educación Personalizada” y poniendo en práctica las enseñanzas y consejos de Marie Poussepin, fundadora de la Congregación. Asume la promotoría del colegio el Padre Marcos Mario Bubniak.

La Hermana Carmen Alicia Botero Correa asume la dirección y administración del colegio en el 2007 acompañada por otras religiosas encargadas de la pastoral y orientación pedagógica, desplegando una labor encomiable en la formación de generaciones de estudiantes y el crecimiento de la infraestructura del colegio. Siendo el promotor del colegio fue el Rvdo. Pbro. Pedro Souza Pinto hasta el 2017.

Durante la gestión y administración  de la hermana Carmen Alicia el colegio alcanzó la Acreditación Internacional de la Calidad Educativa, SACE Perú – México en el 2012, como colegio afiliado al Consorcio de Centros Educativos Católicos (CCEC). En el 2017, el colegio cumple 50 años de vida institucional al servicio de los estudiantes y comunidad. Seguidamente, en sus ansias de continuar con la  mejora de la calidad educativa, el colegio en el 2015 ingresa al Proceso de Actualización de la Acreditación de la Calidad Educativa logrando sus objetivos en el 2018.

En el 2018 el colegio pasó a manos del Obispado del Callao, asume la dirección del colegio la hermana Martha Elena Zapata Luján quien continúa difundiendo el Carisma de la Congregación para plasmar en los niños y jóvenes el amor a Dios y a la Virgen María, siendo el promotor del colegio el Padre Carlos Alberto Nuñez.

En el 2022 se inicia un nuevo proceso de cambio a la luz y verdad de Cristo, regresa la Congregación de Hermanas Dominicas de la Presentación de la Santísima Virgen, para asumir la administración y dirección del colegio. Actualmente la promotora es la Hermana Ofelia Quispe Huallpara, la administradora la Hermana Patricia Gabriela Avendaño Alvarez y la directora la Hermana Frida Gutiérrez Recavarren.

Con el esfuerzo de toda la Comunidad Educativa seguiremos creciendo para brindarles una educación de calidad en base a los principios cristianos y el carisma de nuestra fundadora Marie Poussepin, impregnados de la frase que nos ilumina en nuestro trabajo ´´Conservemos la presencia de Dios en todas nuestras acciones´´ nos impulsará salir adelante trabajando como una verdadera familia Santacrucina.